Chondroitinsulfat existiert hauptsächlich in der extrazellularen Matrix oder von der Oberfläche der Zellen, wie proteoglycan. Das Chondroitinsulfat, das im Knorpel gefunden wird, ist Repräsentant seiner Funktionen. Viel des Chondroitinsulfats, das im Knorpel gefunden wird, existiert als proteoglycan genannt aggrecan und bildet einen supramacromolecular Komplex mit den hyaluronan und Verbindungsproteinen. Dieser Komplex bildet die extrazellulare Matrix des Knorpels mit Art II Kollagen, eigenartig Knorpel, der eine wichtige Rolle im polsternmechanismus des Knorpels spielt. Decorin, das in der Haut in den großen Mengen existiert, haftet an den Kollagenfasern und steuert die Anordnung der extrazellularen Matrix. Das Chondroitinsulfat, das in anderen Geweben gefunden wird, wird auch in die Anordnung der extrazellularen Matrix miteinbezogen, wie proteoglycan in vielen Fällen und übt Steuerung der zellularen Eigenschaften, wie Zellenadhäsion, Migration, Unterscheidung und Wachstum aus.  

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